Quân Tây Sơn chiếm lại được thành Quy Nhơn sau hơn một năm vây hãm nhưng chính cuộc vây hãm kéo dài này đã khiến họ mất Phú Xuân. Sau đó không lâu, lũy Trấn Ninh ở phía Nam của Tây Sơn bị chiếm, Trần Quang Diệu và Võ Văn Dũng thấy thế không thể ở lại Quy Nhơn lâu nên quyết định bỏ thành để về Bắc cứu vua Cảnh Thịnh[12].